2020年8年初11日，来自荷兰莱顿大学的傅靖远大学教授团队在Nature Communications上发表题为Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity的文章。
胃有机物群是一个涉及较为简单相互抑制作用的生态系统。现阶段，深入研究管理人员对胃有机物群在健康和结核病中会的抑制作用的了解到主要比如说有所不同的有机物总质量，而对有机物相互抑制作用在人类结核病背景下的抑制作用鲜为人知。在这里，深入研究管理人员采用来自四个人类表头的2379个元测序构建并较为了有机物共有总质量的网络：一个炎症性肠病(IBD)表头，一个老年人表头和两个基于老年人的表头。深入研究管理人员见到，38.6%的类群共有总质量和64.3%的路中会共有总质量的高强度在表头彼此之间存在纯着相似之处，113个类群和1，050个路中会共有总质量纯示造出IBD专一性效应，281个路中会共有总质量纯示老年人专一性效应。深入研究管理人员也可以在紧密结合人类有机物小组(iHMP-IBD)项目的IBD表头的纵向数据中会激活这些IBD有机物共有总质量。深入研究管理人员的深入研究断定了IBD和老年人的几个关键因素类群和路中会，并提供了证据声称结核病中会有机物总质量的改变可以严重影响它们的共有总质量关联，这丰富了深入研究管理人员现阶段对结核病中会有机物失调的认识。
胃有机物共有总质量的网络的构建
分析纯示，有机物小组合而成和功能概要在很大总体上是重叠的，尽管深入研究管理人员辨别到IBD表头中会的类群小组合而成发生了纯着变异。至少一个表头中会>20%的样本中会存在的134个细芽孢类和343个有机物路中会被纳入有机物的网络推断。深入研究管理人员混合SparCC和SpiecEasi方法建立了有机物共有总质量关联。
对于类群的网络，深入研究管理人员在LLD表头中会断定了2604个共有同总质量，在500FG表头中会断定了1591个共有同总质量，在300OB表头中会断定了1107个共有同总质量，在IBD表头中会断定了2554个共有同总质量，共有有激发了3454个奇特的类群共有同总质量。众所周知的是，82.1%的类群共有同总质量也表现造出共有现。
对于路中会，共有总质量的生产量从500FG的37，279个到LLD的40，699个不等，共有有激发了43，355个奇特的路中会共有总质量。
有所不同的有机物共有同总质量再现在总质量低水平上
当扫描涉及径向共有总质量的100个类群和304条路中会时，76%的类群和84%的路中会在表头彼此之间的总质量低水平也纯示造出纯着相似之处。这并不一定径向的共有总质量关联在很大总体上再现在有所不同的有机物总质量上。深入研究管理人员总结了来自同一旧称或来自有所不同旧称的类群彼此之间相似之处共有总质量的生产量。共有总质量异质性最大的旧称是细菌，不仅在有所不同的细菌彼此之间辨别到大量有所不同的共有总质量，而且在细菌与其他旧称的类群彼此之间也辨别到大量有所不同的共有总质量，如真酵母菌和韦洛氏菌。在IBD表头中会，细菌的类型很高，这与之前的深入研究结果相一致。对路中会共有总质量也见到了类似的辨别，引人注意是催化路中会，它不仅在自身内部，而且在与核苷和核苷酸催化之外的各种路中会特别也纯示造出多样性。
特定的有机物共有总质量在结核病表头中会氟化物
深入研究管理人员分析了径向的共有同总质量关联是不是由特定的表头动力，即一个表头中会的表头总质量高强度是不是与其他三个表头中会的表头总质量高强度有很大有所不同。无聊的是，与基于社会性的表头相对来说，结核病表头中会的各别专一性共有总质量纯着氟化物：113(94%)个类群共有总质量和1050个(72%)路中会共有总质量与IBD表头特异之外，281个(19.4%)路中会共有总质量与300OB表头特异之外，相对来说之下，只有3个类群和117条路中会的共有同总质量关联专归旧称于基于种群的表头LLD和500FG。深入研究管理人员的结果强调了有机物的共有同总质量取决于宿主的健康和结核病状况。
IBD中会的有机物共有总质量的网络
在紧密结合人类有机物小组项目(iHMP-IBD)表头中会激活IBD的网络：在深入研究管理人员的IBD表头中会建立的2554个类群和37，699个路中会共有总质量中会，深入研究管理人员能够审计iHMP-IBD39中会77个IBD个体中会的2090个类群共有总质量和37，106个路中会共有总质量。类群共有同总质量的相对来说较较差激活率在很大总体上是一个功率缺陷，因为深入研究管理人员还辨别到，1705(81.6%)个类群共有同总质量和24，165个(65.1%)路中会共有同总质量在深入研究管理人员的IBD表头和iHMP-IBD表头彼此之间的共有同总质量高强度不会纯着相似之处。然后，深入研究管理人员较为了iHMP-IBD表头第一个和最后一个时间点(一段距离~1年)彼此之间的IBD的网络，激活了90.6%的类群共有总质量和99.6%的路中会共有总质量。这声称，深入研究管理人员对IBD共有总质量高强度的估计在有所不同的表头中会很大总体上是可重复采用的，并且随着时间的推移是稳定的。
IBD的有机物的网络与结核病形态的关联：以前的深入研究声称，辨别到的有机物总质量相似之处可以用IBD14的某些结核病形态来解释。因此，深入研究管理人员假设同义总质量关联也可能是这种情况。深入研究管理人员审计IBD共有总质量是不是与结核病亚型[溃疡性肠癌(UC，n=189)与克罗恩病(CD，n=276)]、结核病手部[回肠(n=212)与结肠(n=286)]以及结核病举办活动[炎症(n=121)与非炎症(n=377)]之外。大多数共有总质量关联在结核病形态彼此之间是可比的，只有少数在FDR
与药物之外的IBD有机物的网络：深入研究管理人员进一步测试了药物采用是不是会严重影响有机物共有总质量，因为IBD病患采用抗生素(20.0%)和质子泵肽(PPI；26.5%)高于一般来说老年人表头(1.1%和8.4%)。深入研究管理人员见到抗生素采用者和非抗生素采用者彼此之间的类群共有总质量不会纯着相似之处，而在37，959(3.7%)条路中会共有总质量关联中会，有1049条(3.7%)的路中会共有总质量关联在PPI采用者和非采用者彼此之间纯示造出统计数字上的纯着相似之处，引人注意是与酯类催化和甲基赤藓醛氨路中会有关。
IBD中会的关键因素类群和路中会：当将IBD中会的有机物共有总质量与其他3个表头展开较为时，深入研究管理人员断定了113个类群共有总质量和1050个路径共有总质量，与其他3个表头相对来说纯示造出纯着有所不同的严重影响。然后，深入研究管理人员审计这些IBD专一性共有总质量是不是与可能与结核病之外的特定路中会或类群总体之外24，深入研究管理人员的分析断定了IBD的三个关键因素类群和四个关键因素路中会。
中长期芽孢为酵母菌、产状苋杆菌和伍德文尼茨放线菌。酵母菌和产甲氧菌先前曾与IBD14，41-45之外。无聊的是，酵母菌与具有促炎旧称性的类群(如剪切细菌)纯示造出正的共有总质量关联，而与具有抗炎旧称性的类群(如普氏镰刀菌)纯示造出负的共有总质量关联。
IBD的关键因素路中会包含C1化合物借助和同化路中会、两条维生素催化路中会和催化路中会。IBD中会最关键因素的功能路中会是还原性TCA周而复始路中会(P23-pwy)，它有76个IBD专一性共有总质量，其中会94.7%在iHMP-IBD表头中会激活。还原性TCA周而复始是一条二氧化碳固定路中会，已被认为是生产用于牛奶、脂、、嘧啶和菜醌催化的有机分子的原始路中会。
尽管IBD中会这一路中会的总质量高，但IBD中会这一路中会的共有总质量关联(r=0.1)弱于其他表头(r=0.3)。深入研究管理人员见到IBD病患中会18.8%的菜醌催化路中会是由酵母菌贡献的，是两个老年人表头的2倍。这一见到声称，酵母菌是IBD中会菜醌催化的重要该协会，这可能会推动其他有机物的生长。事实上，深入研究管理人员的深入研究还阐释了酵母菌是IBD的关键因素类群，与15个类群表现造出IBD特有的共有总质量关联。其中会，与炎症之外的链球芽孢类有很强的正之外性，包含剪切细菌、前庭细菌和婴儿细菌。因此，与其他表头相对来说，IBD病患的菜醌催化与链球芽孢类彼此之间的之外性很高。
300OB中会的有机物共有总质量的网络
300OB的网络在LLD老年人个体中会的激活：在300OB表头中会测定到1107个类群和37，886个路中会共有总质量。这些估计的共有总质量高强度在LLD表头中会年龄和体形指数(BMI)最简单的134名老年人者中会部分可激活，991(89.5%)种共有总质量和32，963(87.0%)路中会共有总质量纯示不会相似之处。
与老年人之外结核病之外的有机物的网络：300OB表头是为了深入研究老年人个人的心血管结核病而设立的，其中会包含139名动脉粥样硬化淡褐色病患和159名老年人相异。此外，35名300OB参与者患有牛奶尿病。在这里，深入研究管理人员只辨别到三种与心血管结核病之外的类群共有总质量，所有这三类型群在有淡褐色的病患中会都纯示造出比不会淡褐色的病患更强的共有总质量。
老年人的关键因素路中会：当深入研究管理人员较为300OB和其他3个表头中会的有机物共有总质量时，深入研究管理人员断定了281个路中会共有总质量，它们纯示造出纯着有所不同的严重影响，即老年人专一性共有总质量。老年人的一个关键因素路中会是尿囊素的降解，它纯示了85条路中会的老年人专一性共有总质量关联。尿囊素是多种动植物(如)中会的活性掺入之一，被见到具有推动激素分泌和降低激素的抑制作用。其降解游离苋酸在苋酰乙酸酯/天冬氨酸中会起抑制抑制作用。与此相相一致，深入研究管理人员见到尿囊素降解路中会与苋酰乙酸/天冬氨酸(包含天冬氨酸、高丝氨酸、牛奶类、苏氨酸和异亮氨酸)的催化路中会和天冬氨酸的催化路中会椭圆形很强的负之外，两者均与和水激素低水平椭圆形正之外，与和水激素低水平椭圆形负之外。
原始造记事：
Lianmin Chen, Valerie Collij, Martin Jaeger, et al.Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity.Nat Commun. 2020 Aug 11;11(1):4018. doi: 10.1038/s41467-020-17840-y.
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